村党组织与村民自治组织的关系是否协调和规范，直接影响着村民自治能否正常有效地运作。从理论和制度上看，村党组织和村民自治组织的地位和关系是明确和协调的。新修订的《村组法》规定：“中国共产党在农村的基层组织，按照中国共产党章程进行工作，发挥领导核心作用；依照宪法和法律，支持和保障村民开展自治活动、直接行使民主权利。”这实际上是以国家基本法律的形式，明确规定了党组织对村民自治的领导地位和职责及工作方式。但在实践中，村党组织与村民自治组织的协调仍是一个尚待解决的问题。因为《村组法》只是明确了党组织的领导核心地位和基本工作职责，具体的有操作性的方式方法仍需在实践中不断探索、总结和完善。就目前看，二者关系方面存在的问题是：(1)有的村党组织不适当地干预村民自治。主要表现在操纵甚至非法干预村民委员会的选举；在村委会工作中干预太多，使村民自治组织依法拥有的管理本村事务的权力难以得到充分体现和具体落实。(2)有的村民自治组织把自治理解成绝对自由，不接受村党组织的正常领导，甚至向党组织的领导权威发起挑战。(3)党组织与村民自治组织的权限范围尚缺乏具体的界定，有关规定过于原则化，加上农村基层党组织与村民自治组织的关系不同于国家政治系统中各级党组织和政府的关系，有自身的特点，更需要明确划分二者的权限范围。解决二者关系问题的对策思路是：在加强和改善党对农村工作的领导这一原则下，从制度上合理划分村党组织与村民自治组织的职权范围，尤其要明确村党组织对村民自治所承担的“支持和保障”的责任及履行责任的方式，在制度化和操作性上保证二者关系的规范运作。如果说乡村关系中乡是主导方面的话，那么村党支部与村委会之间关系则是村党支部为主导方面。所以，在当前，尤其需要规范村党组织的职责范围和工作方式。就职责范围而言，村党组织要使自己真正成为村级组织的核心，应尽力避免行政化倾向，摆脱具体事务。党组织应将主要精力用于对村的发展方向的把握，对其他村级组织建设的指导，对各类组织之间关系的协调以及自身建设等方面。由村民自己能够处理好的事情，应尽可能让村民群众根据法律制度自主处理，以支持和帮助村民自治组织独立负责地开展活动。总之，村级组织包括村党组织都要在法律制度范围内活动。村党支部书记可以兼任村委会主任，但必须经过依法直接选举才能当选；村党组织可以在村委会选举前对选举加以组织影响，但对合法选举结果必须予以承认；党组织拥有量大决策权，但应以党内民主充分听取群众意见和不侵犯村民自治权为前提；对村党组织及其成员的失当行为，村民和村民自治组织有权向上级党组织反映，促其改正。
四、以贯彻实施新的《村组法》为契机，深入开展村民自治示范活动，摸索经验，树立典型，解决各地村民自治开展的不平衡问题，促进农村基层民主由点到面逐步推进
因为各种复杂因素的影响，特别是考虑到循序渐进的发展方针，村民自治实施10年来一直平稳推进，但各地情况很不平衡。从领导重视的程度到村民参与的程度，从村委会换届选举的次数到选举的规范化程度，从村民会议、村民代表会议发挥作用的程度到村民自治制度体系的完备程度，各方面都存在着差距，很不平衡。这是客观的，甚至也是难免的。1998年11月，修订后的《村组法》结束了其10年试行的过程，在许多方面更加完善、成熟。因此，应以贯彻实施新的《村组法》为契机，继续深入开展村民自治示范活动，提高村民自治的规范化程度，树立新的典型，加快农村基层民主化进程。
提高村民自治的规范化程度，就是要根据新的《村组法》的有关规定，围绕民主选举、民主决策、民主管理和民主监督四个环节，健全制度，规范程序，真正体现“村民群众自治”和“基层直接民主”的原则精神。尤其要制定规范化的标准和规范化的程序。一句话，就是要提高村民自治的制度化水平。
首先，要完善村委会民主选举制度。扩大农村基层民主，搞好村民自治，民主选举是基础。这方面的主要工作是：第一，按新的《村组法》要求，尽快成立中央政府层面的选举领导机构以协调和规范全国的民主选举，尤其要指导各地在村委会换届选举时依法成立专门的村民选举委员会。第二，各省、自治区、直辖市人民代表大会常务委员会应尽快制定或修订符合《村组法》精神的具体选举办法。第三，为保证村民民主选举的参选率和规范化，要广泛深入地开展《村组法》的学习、宣传，尤其要搞好选举动员，使村民充分认识《村组法》规定的直接民主选举的作用和意义，熟悉民主选举的规则和程序。第四，逐步规范选举程序和标准。根据新的《村组法》的有关规定，充分体现村民自治的原则精神，村委会民主选举的标准应是：民主、平等、公开、竞争、合法。总之，规范化的民主选举不仅可以使村干部产生荣誉感、责任感和危机感，也能充分调动村民参与的积极性和政治热情，充分体现农民当家作主的主人翁地位和自豪感。
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