重大专项研究更具宏观性、前瞻性、战略性、综合性，院士参与度高，社会影响大，受到党和国家领导高度重视。温总理和国务院有关领导分别听取了徐院长关于《制造业发展科技问题》、王副院长关于《中国可持续发展矿产资源战略》、侯祥麟院士关于《中国可持续发展油气资源战略》等研究工作汇报各一次；温总理还在我院有关咨询项目汇报稿及《院士建议》上作重要批示各1次。其中：
●由徐院长担任组长的中长期科技发展规划《制造业发展科技问题》专题研究，组织了46名院士和260多名专家参加了专题研究，并圆满完成了中长期科技规划领导小组交办的任务。温总理等国家领导人专门听取了汇报。
●由王淀佐院士负责的《中国可持续发展矿产资源战略》课题，28位院士和270余位专家参加。今年10月，专题向温家宝总理及国家有关领导人汇报，得到总理和大家的高度评价，并被认为可作为国家今后经济发展的重要参考依据。
●由侯祥麟院士负责的《中国可持续发展油气资源战略》课题，31位院士和120名专家参加。今年6月，专题向温家宝总理及国家有关领导人汇报，得到温总理和大家的高度评价，并被认为可作为国家今后经济发展的重要参考依据，8月，该课题还专门在国务院第四次学习讲座上介绍情况。该课题后续研究工作正在继续进行，研究内容是2020年—2050年我国油气资源发展和对策。
●温总理还在我院《东北地区水土资源配置、生态环境建设和可持续发展战略研究》咨询研究项目请示报告和《关于鄂尔多斯盆地石油开采有关问题的建议》上做了非常肯定的重要批示。
发挥院士的群体作用，集全院之力，圆满完成受托的重大咨询任务。主要有：对我国中长期科技规划中20个专题报告征求意见稿进行了咨询评议；完成了发改委委托的“十一五”计划中若干重大问题战略研究（共8个领域）等，受到了受托方的高度评价。如：受中长期科技规划领导小组的委托，5－6月间，对我国中长期科技规划中20个专题报告征求意见稿进行了咨询评议。我院集全院之力，按照规划领导小组和规划办对咨询评议工作提出的要求，精心组织、周密安排，组织了院士163位、专家107位进行集中咨询评议。在中国工程院第七次院士大会期间，又将20个专题报告分送给参加院士大会的几乎所有院士进行咨询评议。期间还专门听取了在京资深院士对战略规划研究、各专题的评议意见、总体评价、需要关注的共性问题的意见等。圆满完成了规划领导小组和规划办交办的任务。
主动咨询和委托咨询量大面广，工作量超过以往各年。其中接受大型企业集团的委托咨询，开创了工程院面向企业开展战略咨询的新局面。除完成以上咨询研究项目外，还完成了：
●主动咨询研究。《中国航空发动机试验设施建设研究》、《发展我国大型锻压装备研究》、《三峡库区水环境安全保障机制及水质控制对策研究》、《废旧机电产品资源化研究》、《我国制造业焊接生产现状与发展战略研究》、《反爆炸、生物、化学、核与辐射恐怖活动的科学技术问题和对策研究》、《工程院学科分类标准研究》、《国家大型工程项目管理的调查研究》、
《民营科技企业的发展研究》等9项。
●委托咨询。《国家汽车计算平台工程可行性论证》（信息产业部）、《中国船舶工业集团公司中长期发展规则咨询》（中国船舶工业集团公司）、《重大科技基础设施建设咨询》（发改委高技术司）、《工业过程自动化高技术产业化专项执行情况评估》（发改委高技术司）、《汽车能源咨询第一阶段研究》（上海通用汽车公司）、《实施金属矿业资源全球战略保障国民经济的可持续发展》（中国五矿集团公司）、《现代农业高技术产业化专项实施情况中期评估》（发改委高技术司）等7项。
临时应急任务要求高、质量要求高、时间要求紧、工作量大。在个别征求意见稿中，今天接到，昨天就要交。但大部分都在10天左右时间就要送出去。如：发改委《关于振兴我国装备制造业的若干意见》征求意见稿，时间要求紧（6天），为能够高质量完成，徐院长亲自主持有关院士参加的征求意见会，会上，徐院长及有关院士们提出的意见得到了发改委的采纳。后来在曾培炎同志主持的征求意见会上（邬副院长参加），工程院的意见得到肯定。总之，国家有关部门征求意见稿之多，要求之高，是我局工作前所未遇的，增加了相当的工作量。主要有：