（二）基层动物防疫队伍不稳定，大部分素质偏低。我县的基层防疫员工资于2001年纳入县财政预算后一直未变（乡兽医864元/年，村防疫员400元/年），以现今物价衡量待遇较低，导致部分年富力强技术好的防疫员流失，所以从今年春防开始，我县同时为配合村级兽医室建设，取消了乡兽医，从新选聘105名（精减人员提高待遇，1000元/年）村级兽医员进驻村级兽医室从事基层防疫、动物疫病治疗等。虽然通过精减人员来提高收入，但量也增大了，仍无法找到优秀的防疫人员和提高村级兽医员的积极性。导致大部分村级兽医防疫员文化程度低，年龄偏大，技术较差；有些村主要靠子承父业，在一个封闭的圈子中，素质得不到提高，诊疗水平、防疫检疫水平较低，一些生产实践中出现的问题不能得到及时有效地解决，一些常见的疫病不会诊断，一些新出现的疫病不了解，致使疫情出现后，得不到及时诊断和处理，使疫情范围扩大。
（三）动物防疫监督机构职能未能发挥应有的作用。动物防疫法律法规明确规定“定点屠宰，集中检疫”。由于商贸部门管理定点屠宰、畜牧部门管检疫、工商部门管打假（“注水肉”等），一头猪从进屠宰场到上巿经营有三个部门在管，当配合出现问题时易造成“白板肉”、“注水肉”上巿，无法让老百姓吃上“放心肉”。特别是基层兽医站职责不分，既履行防疫、检疫公益职能，又从事诊疗、治病经营服务，在一定程度上弱化了动物防疫监督职能。
（四）动物防疫经费投入不足。一是经费没有保障，依照法律规定动物防疫经费应当列入中央和地方财政预算。但由于县级财政和大部分乡镇财政困难，根本保证不了防疫经费的投入，因此达不到较高的防疫密度和较好的防疫效果。二是基础设施差。近年来，政府虽然不断的投资完善基层站建设，但总体上基础设施投入不足。部分基层站没有办公用房、住房，条件差，只能租用房子进行办公；大部分基层兽医站检测设备匮乏，诊疗技术落后，检疫靠肉眼观察，治疗凭经验诊断，难以正常开展防疫、检疫；无交通工具，而目前我县农村畜禽养殖主要是千家万户分散饲养，面广量大，基层兽医站缺乏必要的交通工具，限制了其服务范围及质量；办公经费不足，无法为养殖户服务提供便利服务，在一些乡镇，当地老百姓把兽医站人员戏称为：“远看像要饭的，近看像烧炭的，仔细一看原来是兽医站的。”
（五）动物防疫监督管理尚不到位。有的基层执法人员素质不高，不敢执法、不善执法，对拒免、拒检、拒缴免检费的不能依法处理，使一些未检动物及产品流入市场。检疫执法难度大，巿场检疫中个体商贩的素质参差不齐，故意刁难检疫人员和暴力抗检的现象屡有发生，检疫部门在一定程度上较难取得其他执法部门的大力协助，又无执法服装，最终导致市场检疫困难重重。
（六）《动物防疫法》存在的问题。
1、机构设置上存在问题。《动物防疫法》至今颁布实施6年多，动物防疫监督机构的设置仍然没有一个统一的格式，有的防治、动检、监督各自单设；有的其中两者合设。在单位名称上也各不相同，在单位性质上有的为全额事业单位，有的为差额事业单位，还有的为自收自支事业单位，也有少数归行政系列。这些不统一性已严重影响了动物防疫、检疫、监督的正常开展，在职能划分上没有一个明确的规定，开展各自为政，甚至互相扯皮，本来是统一的法律，由于没有统一健全的机构和执法队伍，造成监管不力、混乱，损害了防疫执法的形象。
2、《动物防疫法》规定，国家对严重危害人体健康和养殖业生产的动物疾病实行计划免疫，实施强制免疫。但强制免疫造成的损害又缺乏应有的赔偿保障机制，在实际中，补偿给畜民的补偿费严重偏低，导致养殖户拒绝免疫现象时有发生。根本达不到强制免疫的目的。
3、《动物防疫法》没有把如宠物防疫、禽蛋检疫等没有纳入动物防疫范围。对无《动物诊疗许可证》从事动物诊疗活动无处罚规定，尽管规定对兽医从业人员实行资格考试，对从业活动实行许可证制度，但由于《动物防疫法》对无证从业活动如何查处和追究没有规定法律责任，动物诊疗管理秩序始终无法建立和维持。
4、《动物防疫法》对大量存在的违法行为处理力度过低或无处罚措施。《动物防疫法》第46条规定的3种违规行为没有罚款规定，处理力度太低，违法行为人对处理费用由自己承担的规定不屑一顾。在实际中，造成了拒绝免疫、不按程序免疫，不按规定清洗消毒动物运载工具、垫料、包装物，不按规定处置染病动物及其排泄物、病死动物尸体的情况大量发生，严重影响了动物防疫更好地开展。第49条规定对拒检、逃检的违法行为没有处罚规定，动物防疫监督机构在查处此类违法行为时，只能补检，而不能惩处，缺乏打击手段和力度，致使拒检、逃检、转移、销售染疫动物（动物产品）等现象多次发生。第3条解释了动物是指家畜家禽和人工饲养、合法捕获的其他动物，并没有明确解释种用动物及非种用动物，从外省购进仔猪、禽苗等进行饲养一段时间后卖出屠宰是不是种用动物？
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