造成以上问题的原因主要是：
1、干部认识上有误区。在党支部方面，有的村党支部根据《中国共产党农村基层组织工作条例》的规定，认为党支部是农村各级组织的领导核心，因此就要包揽村里的一切事物，体现在工作中不尊重村委会的法律地位，直接干预属于村民自治范围的事情，搞村务工作“一言堂”。从村委会方面看，片面理解《村民委员会组织法》和《村民自治章程》，认为村民彻底实行自治，村委会负责村里一切事物的管理和决策，而不要党支部的领导。
2、一些干部素质较低。一方面是新当选的村委会干部素质不高，缺乏工作经验，政策观念不强，职责任务不清，价值观念扭曲，只抱个人打算，甚至把当干部纯粹作为满足个人私欲的手段，这些村干部无法配合党支部的工作；另一方面是部分村民的素质较低，不能正确行使自己的选举权，对待选举不严肃认真，贪图一些私利或被许愿迷惑，投下违心的一票，造成一些素质低，甚至有前科劣迹的人当选。这样选上来的人，有些原本就与党支部成员有很深的矛盾，当选后更加激化了矛盾，形成“两委”不和。
3、个别党员宗旨意识淡化、作用弱化。个别农村党员党性不强，没有发挥先锋模范作用，甚至做出一些有损党员形象的事情，降低了党组织的威信，损伤了党支部的凝聚力和战斗力，使村民对新选举出的村委会产生了倾斜思想，进而演化成“两委”之间的矛盾。
4、思想准备不充分。 《XX乡第三批先进性教育活动准备工作调查报告(第2页)》出自：www.89xue.com网
www.89xue.com 上级党组织对直选后，“两委”关系产生的新矛盾估计不足，问题产生后，缺乏有效的协调、制约手段，也是导致问题解决不及时的原因之一。
5、制度不健全，职责界限不清，操作性不强。《中国共产党农村基层组织工作条例》和《村民委员会组织法》以及其他上级有关文件，对村党支部和村委会的职责从大的框架上做了较明确的规定，但缺乏配套的实施细则，对农村“两委”如何运作，重大问题如何决策，人、财、物权如何行使，以及双方职责可以相互介入的范围等都没有比较系统的补充规定，致使在具体的村务操作中，往往无所适从。
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