一是行政化的村，这类村在形式上建立了村民委员会这一群众性自治组织，但村的治理基本上沿袭着传统的行政命令管理模式。在相当一部分的村，村民自治尚停留在一般法律制度层面，人民公社时期遗留下来的行政化管理模式居主导地位。这类村估计占全国村庄总数的60％以上。行政化村的主要特点表现在两个关系方面：一是乡与村的关系。在行政化的村，乡和村的关系依然沿袭着人民公社时期的公社与大队间的命令－服从关系模式，村民委员会只是乡（镇）政府的下属机构，缺乏相对独立性，难以发挥其应有的自治功能。二是村民委员会与村民群众的关系。根据《村民委员会组织法》，村民委员会是村民群众性自治组织，村民群众是自治主体，村民委员会只是村民群众行使自治权的组织载体。但在行政化的村，村民委员会主要是乡（镇）政府的下属机构，村民群众难以通过村委会行使自治权，仍然居于传统的政治被动地位。
二是失控村，在这一类的村，由国家法律制度认可的村民委员会等正式基层组织不健全，或不能履行法律赋予的职责，村民自治处于放任状态，甚至扭曲变形。根据80年代后期的一项权威调查，当时全国有15％～20％的村，基层领导软弱涣散，不起作用，工作落后。1990年后，包括村民委员会在内的村级组织瘫痪、半瘫痪状况有所改变，但并不理想。据有关部门1994年统计，全国各省。市、自治区大都有3％～8％的村委会处于软弱涣散甚至瘫痪状态，广西，西藏、江西，新疆、浙江、安徽、四川、海南的比例更大，达到10％左右。农村基层组织软弱涣散和瘫痪的情况依然存在，严重地削弱了党和国家对农村的领导，已危及到农村的稳定与发展。
此外，其他专家学者的研究和调查也都证实，真正按照《村民委员会组织法》要求实行村民自治的农村只占一少部分，大概介于10－20之间，一般不会超过25。总之，我国农村的村民自治目前仍然处在一个从不规范走向规范的时期，在这个过程中还存在很多的困难和问题。
二、当前村民自治中存在的困难和问题
由上可知，从村民自治的实际运行状况来看，只有很少一部分农村从形式到内容都达到了《村民委员会组织法》的要求，绝大部分都是仅仅具有了一种形式，建立了村民委员会，但是村民自治并没有真正地发生。那么在当前我国农村的村民自治中究竟是哪些困难和问题羁绊着村民自治的实现呢？我认为以下几个方面是困扰当前我国村民自治的难点问题，它们也将会在今后继续影响我国农村村民自治的发展深化。
1．乡镇政府与村民委员会的关系问题
尽管对于乡镇政府与村民委员会的关系，《村民委员会组织法》作了专门的明确规定，指出乡镇政府对于村民委员会的工作给予指导、支持和帮助，乡镇政府不得干预属于村民自治范围内的事项，村民委员会协助乡镇政府开展工作。但在村民自治的实际运行过程中，乡镇政府与村民委员会的关系很难达到这种理想的状态，在很多地方二者之间依然保持着一种行政领导关系。乡镇政府在表面上不干预村内的事务，可是仍然对村干部发号施令，甚至在村民自治已经推行了10余年的时候，有的乡镇政府居然用红头文件任免村委会的干部，还有的乡镇领导对于村民自己推选的村委会候选人动用警力。不仅乡镇干部如此，就连村干部也认为“指导”就是“领导”，没有太大区别。
这其中最主要的原因还在于村民自治是一种全新的制度安排，在从来没有自治基础的中国农村，人们并没有真正理解它的精神实质。新中国成立以来对村一直实行行政控制的制度，尤其是人民公社时期对村一级的控制更加严密，在公社和大队之间是一种非常强的行政关系。而村民自治作为人民公社解体的替代制度，却要求在乡镇政府与村民委员会之间关系为指导与协助的关系，这使乡镇干部、村干部以及农民很难适应这种变化，真正领会村民自治所要求的乡镇政府与村委会之间关系的精神实质。其次，《村民委员会组织法》对于乡镇政府和村民委员会之间关系的规定也过于简略，使文化水平相对不高的乡镇干部和农民难以有效地把握。如对于“指导”关系，由于汉语本身含义的丰富性，可能不同的人不就有不同的理解，不要说乡村干部和农民了，可能汉语专家也会犯难。
2．村级党组织与村民委员会的关系问题
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