㈢管理手段上：手段相对滞后，是导致规定难以执行到位的“绊脚石”。
1、企业不如实申报实际库存的情况普遍，使报核流于形式。据了解，100％的联网企业都承认其实际库存与理论库存之间存在差异。经归纳分析，除去管理不够规范等人为原因外，该差异产生有其不可避免的客观原因，一是对进口料件归并导致“平均单耗”仍不同程度的存在。在这一点上，联网监管模式仍未实现对纸质手册的彻底突破。管辖深圳特区内企业的外勤海关反映：2003至2004年共下厂核查38家联网企业，其中25家有溢存或短缺料件情况，都是由于遗留纸质合同或电子账册的“平均单耗”问题造成；二是生产管理中料件多以数量（如：“个”）为单位，但贸易统计法定单位多为重量（如：“公斤”），单位换算引起误差；三是企业和海关的电脑系统数据分别精确到小数点后9位和5位，转化过程中发生误差。按规定，在未开通联网核查系统和实现数据直接导入前，联网企业应以生产管理系统中直接提取的数据如实向海关申报。但该规定执行存在难度，企业报核时未向海关如实申报差异，主要因为：一是企业认为解释差异原因难度大、手续繁琐；二是中介公司提供的软件具有自动提示功能，方便企业制作“平衡”的数据；三是海关制度与手段滞后，使经办关员在认定与认可客观存在的差异上无参考依据。由于电子账册的报核不是终止性的核销，联网企业运作时间越长，该差异值越大，一旦下厂核查，企业溢存或短缺料件的数目将相当可观，应引起重视。
2、海关对联网监管模式的推广方式简单、宣传导向有所偏离。致使部分企业的高层领导对联网监管模式的优势认识不足。设想一下：无需深入各部门一线，这篇文章转载自www.89xue.com网无需下级工作人员纸面汇报，只需打开电脑，就可将公司所有生产情况、料库情况、报关情况一手掌握，相信所有企业高层都会欣然接受。但实际状况是部分企业高层没有引起足够重视，未充分利用联网监管这一提升管理档次、提高竞争力的难得机会，内部管理仍不够规范；另一方面，未联网企业联网意愿也不强。
㈣向中小型企业推广联网监管模式的难题亟待解决。
首先，向中小型企业推广联网监管难度较大，这是由其特点决定的。与大型企业相比，中小型企业具有如下特点：一是相当一部分经营不规范，计算机管理程度不高；二是以营利为主要目的，而大型企业还兼顾社会知名度、品牌效应等目的；三是生产变化快，订单无规律性；四是产品技术含量低；五是接受新事物能力低，加上联网模 《海关加工贸易联网监管运作的实际状况及创新思考(第2页)》出自：www.89xue.com网
www.89xue.com 式需要购买中介公司软件、服务器等前期投入3万－10万人民币不等，中小型企业“小富即安”的意识作用使其改变现状的难度比大型企业大。
其次，向中小型企业推广联网监管又是刻不容缓的。这是因为：现比对联网企业的投入产出比率来讲，海关对中小型企业投入了大量的监管人力物力，但收效甚微。就笔者所在的现场业务处监管情况看，2004年，仅占辖区生产型企业总数3.7％左右的84家联网企业出口值占辖区加工贸易出口总值64%以上，投入的人力监管人数才12人；中小型企业业务量不到36％，却投入了67人进行监管，尽管如此，中小型企业走私违规的机率仍远远高于大型企业。另一方面，中小型企业数量远胜于大型企业，因此海关对其监管质量直接影响整个加工贸易的发展，尽快提高联网监管对中小型企业的覆盖面是当前亟待解决的重大课题之一。
但是，现行的联网监管模式对中小型企业适用性不强。其一，实践表明：联网监管数据源的原始性和真实性是海关监管到位的重要保证之一，从企业内部管理系统中获取原始数据才能保证数据的真实可靠。因此，在核查平台未建立之前海关很大程度上仍依赖于企业的诚信度，对中小型企业实施现行的联网监管模式显然将使海关面临较大的风险；其二，联网监管的推广还受企业内部计算机管理系统的开发程度，成品复杂程度的制约。现行联网模式较为适合生产周期短、产品变化快和电脑化程度高的企业，而规模小、产品单一且不具备全程计算机管理的企业则不太适应。
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