（三）税收成本增加
一是增设机构使经费开支扩大了一倍，如办公场所、办公费用、交通通讯、基建等，一个县以万元计算，全国有多个县，就这些重复费用全国就要多个亿元。二是增加税务人员支出，机构分设在人员问题上，基本上是国税人员，地税人员，国税垂直管理到国家税务总局，地税有条块结合管理，开始主要以块块管理为主。征税程序分设前与分设后基本没有两样，需要的人员就必须增加一倍。人员的增加紧接着就是人员工资、福利、服装等费用，每人年—万元，全国以万税务 《关于建立国地税机构间协调与合作机制的思考》出自：www.89xue.com网
www.89xue.com 人员计算，每年就人员开支就—万元。
（四）纳税人纳税负担增加
纳税人同时接受两个税务机关的管理，免不了产生多头申报和多头办理涉税事项的问题，税务部门也免不了重复检查和监管，同时政策和要求也容易产生不一致等问题，从而引发了纳税人的不满情绪。
（五）增加了征收管理的难度
企业的各种税收资料，如增值税、所得税、其他附加税等其数据资料均有一定的联系，由于各税种分国、地税进行征收，人为地割裂了各个税种间的逻辑关系，数据相关性无法核对，容易出现征管漏洞。征管信息不能及时、有效的沟通交流，导致应纳入各级财政管理的税款出现跑、冒、滴、漏现象，造成税收大量流失。
（六）不利于税务机关自身的管理
两家税务局因各自利益有所不同而容易产生互相“不买账”的行为，地方政府缺乏对垂直管理单位进行有效管理的手段，监管不力将导致某些部门在地方上坐大，不利税务机关对自身的管理。同时，地方政府相对重收“费”，轻纳税，也从客观上导致财政预算外资金大量存在有了机会。
（七）与国际惯例不接轨
两个税务局使国外机构和企业难以适应。国际上虽有实行中央或地方两套税机构的国家，如美国等，但为数不多、屈指可数。绝大多数在华投资企业并不习惯接受国地税两套机构的管理，影响到改革开放的深入。
（八）不利于政治一体化
我国是多民族、团结统一的大国，我国公民的文化素质较低，法制观念还不高，将国家税收人为地分为国税、地税，容易给人们灌输一种中央收国税，地方收地方税的感觉，无形之中形成一种中央和地方的对立，隐含着一种分庭抗衡现象，不利于政治上的统一。
此外，由于中央财政的调控能力受到影响，中央财政压力开始显现，一些税收政策也发生了引人注目的变化：比如说，证券印花税最初中央和地方是五五分成，但××年必须归中央财政。××年归中央；企业所得税中央也要求以年为基数，从××年起实施增量共享。这也是国、地税分设后，国、地税矛盾所造成的直接后果之一。
二、建立国、地税机构间协调与合作机制的必要性和意义
建立国、地税机构配合协作机制，对于解决当前税收管理过程中的诸多矛盾，保证税收征管工作的高效运转，合理降低纳税人纳税成本具有十分重要的意义。
（一）加强国、地税机构间的协调与合作，有利于纳税信息的高度集中，从而为实现“以纳税申报和优化服务为基础，以计算机网络为依托，集中征收，重点稽查”税收征管新模式提供信息支撑。国、地税机构间的协调与合作，可以使双方在工作过程中形成的纳税信息实现互通，提高信息的利用效率，从而进一步提高征管质量。
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