物理，化学，生物因素处理，筛选优良菌种
提高突变率，产生新基因，为菌种选育提供更多原始材料，缩短育种年限。
盲目性大，且突变大多是有害的，需处理大量样本。
基因工程育种
将目的基因导入受体细胞并使之表达，获得工程菌。
缩短育种年限，目的性强，克服远缘杂交不亲合的障碍。
技术条件高
细胞工程育种
通过细胞融合等细胞工程技术获得工程细胞。
缩短育种年限，目的性强，克服远缘杂交不亲合的障碍。
技术条件高
2．培养基的配置：
（1）原料：碳源，氮源，生长因子，无机盐和水。
（2）原则：目的要明确，营养要协调，PH要适宜。
3．灭菌：
发酵过程中不能有杂菌污染，不仅要对培养基进行灭菌，还要对发酵装置进行灭菌，通入的空气也要进行灭菌。灭菌不仅要杀死杂菌细胞，还要杀死芽孢和孢子。
4．扩大培养和接种：扩大培养可以缩短微生物生长的调整期。
5．发酵过程：是发酵的中心阶段。
关键是控制发酵的条件，如温度，pH，溶氧，通气量与转速等。原因是环境条件的变化，不仅会影响菌种的生长繁殖，还会影响菌种代谢产物的形成。
6．分离提纯：发酵工程产品
代谢产物：可采用蒸馏，萃取，离子交换等方法提取。
菌体自身：可采用过滤，沉淀等方法从培养液中分离出来。
三．发酵工程的应用
发酵工程以其生产条件温和，原料来源丰富且价格低廉，产物专一，废弃物对环境的污染小和容易处理等特点，在医药工业，食品工业，农业，冶金工业，环境保护等诸多领域得到了广泛的应用。
1． 在医药工业上的应用：
生产出了种类繁多的药品，如抗生素，维生素，动物激素，药用氨基酸，核苷酸等
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